A CPTM possui um moderno e eficiente Sistema de Vídeo Monitoramento – SVM, composto por mais de 3100 câmeras, distribuídas em 57 estações, que está entre os melhores da atualidade. Além disso, todos os novos trens estão equipados com Sistema de CFTV embarcado, acrescentando aproximadamente 5800 câmeras ao parque total. Gerenciado pela Central de Monitoramento da Segurança (CMS), o sistema proporciona mais agilidade e confiabilidade na varredura das imagens das estações, ao longo do sistema.
Dentre os recursos disponíveis no sistema de CFTV destacam-se a alta definição na qualidade das imagens captadas, a ampliação do tempo de armazenamento do material gravado e o monitoramento de todas as câmeras em diferentes estações. Além disso, o sistema pode receber, simultaneamente, avisos de alarme de várias estações, visualizando imediatamente, no monitor, o croqui da unidade e o ponto exato da ocorrência.
Em 2020, a CPTM firmou convênio com a Polícia Militar objetivando a conjugação de esforços e a cooperação mútua, com a finalidade de utilizar policiais militares, na segurança das Estações e interior dos trens da CPTM. Essa parceria reforça a segurança da Companhia, estratégia eficaz para mitigação dos ilícitos criminais e infrações administrativas.